Pelantikan Tommy Thomas sebagai Peguam Negara sejak awal lagi telah membangkitkan kemusykilan dan misteri kerana dia adalah peguambela Ketua Parti Komunis Malaya (PKM) Chin Peng yang mencabar kerajaan untuk kembali ke Malaysia, sedangkan semasa Allahyarham Tunku Abdul Rahman menawarkan perdamaian Chin Peng dengan angkuhnya menolak. Selain itu Tommy Thomas adalah peguambela Lim Guan Eng yang sebelumnya merupakan Ketua Menteri Pulau Pinang juga merangkap Setiausaha Agung DAP dalam kes pembelian ‘Banglow Murah’ yang didapati mengendong kepentingan politik pihak penjual serta salah guna kuasa pihak Ketua Menteri. Lantas tidaklah mengejutkan apabila kes Lim Guan Eng itu digugurkan oleh Tommy Thomas.